以八〇年代的台北街頭為背景，《飛俠阿達》講述國民政府遷臺後的武林異聞。
毛叔是公園裡的說書人，說著神祕的紅蓮會幫政府執行秘密任務，最後遭到清算的故事。紅蓮會的結拜兄妹共有七人，慘遭政府設局陷害後，只剩三哥、五妹、七弟來到臺灣，就此隱姓埋名，一身絕技從此失傳。
年少的阿達一心想學輕功，他放棄了推銷員的工作，並靠毛叔的介紹找到師父傳授武學之道，習武的過程中，在台北街頭闖蕩，武學、聯考、友情、愛情煩惱著他的青春歲月，傳世的紅蓮若隱若現的出現在阿達的生活裡，引導他走向未知。玄妙的武學，飄盪的生命，在台北上演一段江湖故事。
《飛俠阿達》欲訴說的生命體系虛實揉雜，充滿混沌，阿達身處虛幻又無法斷定真偽的武林，相信著不斷擺盪的武學信仰，同時又渴求生存向現世扎根。而每位配角在阿達的矛盾與掙扎中，各自成為一段靈魂引線，帶領阿達體悟生命本質的無常，從武學看往生命的天外天。
阿達是電影中的離散主體，各式生命離合皆圍繞阿達運行，看似人物橫跨過去與現代，眾多故事線散落各處，但顛沛流離的共通性使眾人成為一個整體；毛叔的故事牽引著命運，當紅蓮在暗處綻放時，所有人的命運緊緊纏繞，再由阿達散射而開。
今生
《飛俠阿達》從武學作為起始論述生命之虛浮。毛叔引薦阿達跟隨焦師父習武，透過天臺武場的教學，帶出焦師父對人生的了悟，點醒阿達武學與生命的關聯性。
焦師父的話語建構出習武的歷程，對於武學，初步修習的感受來自於五感，看到的只有直觀的反應，諸如招式的碰撞以及比武的勝負，隨著閱歷增長才會逐漸看到武學背後帶來的深意，是招式外顯後的內化。此時有得到也有失去，開始懂得適時放下，才擁有更廣的視野，最後見到武學化整為一，與眾生群相融合，武不只是影響自己，更傳向他人。此時眼界開闊，以武為媒介，在江湖歷經悲歡苦痛，已能細品眾生況味，以眾生映證自己，用踏行的萬水千山，閱歷所有生命的必然。所謂武學境界，不再是錘鍊招式或登上頂峰如此短淺，「武」攸關生命凝鍊，是對內外世界的精神感知。
阿達要體會的生命飄懸，無法以任何形式準確形容，這樣的意識不明及無力解答，充斥阿達生命的每個關隘，焦師父也無意幫助阿達通過任何一個過程，以求盡快達到了悟之境。每段歷練皆有存在的必要，生命的因果得捨是透過失去與傷害而來，若皆由旁人協助破繭而出，終究無法感受生命本質，因為不曾親身體會。
焦師父點化完阿達後，吩咐他不必再來天臺練武，隨即與他手臂上的紅蓮紋身一同消逝，未再現身。
焦師父的人物形象飽含禪意機鋒，留下話外之意懸而未解，使武學的論述呈現茫然之感，茫然來自於阿達更來自於觀者本身。究竟意喻為何？電影並不急著解釋。不馬上解答給予電影空間，讓夢幻泡影與現實同時周旋於影像及對白，使觀者在懷疑自己所見時，已和阿達陷入同樣的思考迴圈，並一同反覆咀嚼後續的劇情進程，去映證焦師父的感悟，透過敘事設計讓人物與觀者重合，增添觀者對阿達生命的黏著性，不易因敘事點位眾多而失焦。
離開天臺的武場後，沒有選擇繼續升學的阿達跟隨盲者工作，他當起按摩工會的司機，載著盲者穿過台北的大街小巷，抵達服務地點。焦師父以武論人，引領阿達體會生命之虛，而盲者則帶阿達落地生根，進入人慾橫流的江湖，感受現世。
引擎的嘈雜聲、形色男女的歡聲笑語、街頭無數雜訊，都城的聲調高低碰撞，不甚和諧，恰似人群糾葛的無形對衝，伴隨夜城的燈火，以聲光紀錄人群。都城的暗處，是生存欲望幽冥的浮動，杜可風鏡頭下的臺北是失意的，浮華中蘊含腐朽，鏡頭掃過的眼神，都流露出些許的飄搖不定，色調灰濛的影像質地使都城失落。人群離散其中，影像時而飽滿，時而枯瘦，不露鋒芒的色澤，呈現武林人世的孤寂頹喪，生命的燥熱和掙扎在現世粗曠的光影線條中展現。街頭的一切成為武林的戲臺，生命在臺上出將入相，慾望沉泡在名為眾生的染缸，利用夜城生活展演慾望流動，強調生命體質的原始。阿達要面對的，是橫臥都城的一條濁水，人群的生之慾，在濁水上漂流。
人群的階級層次，透過鏡頭掃視而出，唯有在盲者手下，人方無貴賤之別，無論身處何處都是暗夜的盲者，卻成為臺北城的明燈。生命在此處是公平的，享有一致的服務，無論黑社會、嫖客、商賈權貴，一律臥倒在床榻上，任憑盲者揉捏，抹除身軀和心靈的執念，揉捏之下的安眠透著美夢浮泡。沉睡是電影中唯一安定的姿態，不遊走於虛空，沉澱於現實，盲者宛如菩薩，在靜謐的空間裡，利用片刻拋灑幾點甘露，帶走人群的煩憂。但懷著仙佛的美夢終究是不實際的，生命的沉重在手停止起落時，重新回到臺北城。
跟隨盲者工作給予阿達短暫的安定，不過歲月靜好在《飛俠阿達》中是不被允許的，突發性的事件總會打破安寧，瞬間抽空穩定的要件，促進生命再次漂流。盲者要帶工會成員前往國外就業，離去前，他看著阿達依然著迷於輕功練習，便開口指導了幾句，隨即帶著鑲刻紅蓮的手杖瀟灑離場。
前世
電影至此，已在手臂和手杖上露出紅蓮符碼，而毛叔故事的牽引作用，正在回憶和現實間緩緩發酵，因果層層相扣。毛叔口中，說的是前世也是今生。
過往的回溯交代了三哥、五妹、七弟來臺後的故事。紅蓮會原有七人，以大哥為首的四人被國民政府派發前線執行任務，從此再也沒有歸來，三哥為查明真相大鬧軍備單位，最終寡不敵眾，被國民政府擄獲，飽受酷刑折磨，以致雙眼失明。失去三哥的音訊多年，五弟和七妹想方設法打探消息，終也被人設局陷害，雖然成功逃脫並陰錯陽差救走三哥，但再也無法拋頭露面，只能隱遁於世，五妹擺起了一個餃子攤，靠著做生意讓三哥得以靜心修養。沉寂數年後，三人又找到潛逃出國的機會，不過風聲走漏，國民政府早已守候多時，隨著刺眼燈光的照射，是三人在電影中最後一次重聚。
上述簡短的故事被年代分割，穿插在現實的劇情中，毛叔講述的故事看似浮誇不實，卻在劇情醞釀下開始發酵。隨著紅蓮會的故事欲趨完整，年輕的毛叔也現身在故事中，從畫外音變成劇中人，回憶與現實錯置，時間多線穿梭，武林線索在阿達的生命裡不斷浮現，真實裡隱匿著魔幻，輔以天橋說書的表演形式，讓觀者逐漸脫離現實，進入民國武林。
《飛俠阿達》多線敘事的表現手法和《城邦暴力團》相似，《城邦暴力團》是張大春的現代武俠代表作，格局宏大，選材特別，其敘事方法也跳脫框架，人物與空間常在字句中跨越時代；《城邦暴力團》同樣利用主角及傳世高人的互動建構劇情，讓武林藏於市井，透過人物與武術描摹時代社會，進而延伸至武學之外的生命天地，極力推薦在觀影前先行閱讀《城邦暴力團》，更能理解《飛俠阿達》時間線的運用，以及欲呈現的時代氛圍及生命母題。
不按照時序遞進，確實有風險存在，若稍有不慎，劇情容易散亂，但《飛俠阿達》運用得當，時間線的來回，反而映照出多層次的靈魂深處浮動，也突顯不同時代對照下，人物生命歸本溯源的完整歷程。毛叔的紅蓮會故事在過去和現實來回跳躍，極致的魔幻隱藏在極致的真實裡。
敘事的跳躍性，讓整部電影節奏活躍，但也招致不少批評，時間線的穿梭，更讓部分評論認為電影結構太過發散。紅蓮會的故事線無法收束，沒有明示的紅蓮會角色經歷，更有故弄玄虛之疑，但仔細梳理後，紅蓮會三位要角的生命歷程都能透過人物演繹或影像暗示得到映證，進而輻射至現實世界，與現世的角色相輔相成完整阿達的生命追尋。
紅蓮圖樣的出現，暗示高手其實從過去來到了現世，眼盲的特徵與紅蓮手杖，可以確認盲者就是三哥。三哥在毛叔的回憶中武藝高強性格張揚，屢屢挑釁政府機構，而盲者身影低調為人謙和，生命形象的反差突顯三哥惆悵的過往，在不斷被政府設計的過程中看清人性，力量的強大也無法喚回犧牲的夥伴。受困囹圄多年身心飽受折磨，三哥變成了盲者，但眼前的昏暗反讓他看清一切，他拋下武學也拋下了對巔峰的追求，轉而成立按摩工會庇護現世中的弱者，透過自己給予他人的生命溫暖，而非追求力量帶來更多離散。
三哥的辨識相比七弟來說容易，縱然焦師父手臂刺有紅蓮圖樣，但無法單靠紋身斷定他就是七弟，七弟的身分確認，必須連同五妹的劇情線一併討論。刺眼的強光照射下，七弟被捕，三哥不知去向，隧道事件三年後，七弟曾越獄和五妹短暫重逢，兩人透過眼神及含蓄的互動互訴相思，五妹溫婉的身影留在 1962 年的時空中，未再出現。
時序切換回現實，焦師父的眼裡散發憂傷，在天臺與眾弟子互動時，總隔著一層冰冷，情感的封閉暗示焦師父的生命中也曾有離散出現。帶領弟子習武的天臺，是七弟和五妹救出三哥的地方，根據毛叔的描述，焦師父教拳之餘還在市場擔任工友，而五妹以前經營的餃子攤也在市場內，進一步以場域暗示焦師父對過往的懷念，種種細節已然揭示焦師父即是七弟。
電影並未交代五妹後續的命運，但焦師父對自我的封閉已使觀者理解，五妹必然與他離別，只為不再連累，在被政府追緝的年代，五妹深知唯有分離才能保全所愛之人，過往的溫柔情愛和現實的封閉深鎖相映照，兩人的離散形塑綿延的相思與愁，情意點滴流動至現世。此段故事線的鋪陳，已脫離言語的層次，未有任何說明卻道盡一切，影像凝鍊的情緒張力劃入內心，收縮受困於時代的情愛，內斂的表達維繫生命轉折，不讓情感任意越界，出現肆意的大鳴大放，使離愁自然四散各處。
過往揭示七弟因愛情而了悟，三哥因算計看清人世的糾葛，碰上阿達使他們再度入世，阿達的善良質樸，也使二老在阿達身上發現人性仍存光明，重新點起他們滅卻已久的心火；五妹雖未現身，但她的信念早被七弟乘載。紅蓮會的高人用過往霜雪換得的感悟引領年少的個體，去感受所有生命必受之重，盼望他保持本心，縱使多有磨難，也不因髒水洗身而汙濁。三哥與七弟也在引導中解脫，不再苦守過往的黑暗，選擇飄然離去，將自由還諸己身。
今生
盲者離開了，阿達裝盲上陣，繼承盲者在臺北城的生意，繼續撫觸所有受傷的軀體，每次起落又是生命離合，這次，阿達遇上了父親和企業家宋小姐。
裝盲的設計別具巧思。阿達能以雙眼看清，卻選擇流連於真實之外，透過墨鏡凝視，在現世找尋自己的偽裝，不以真身示人。當然裝盲也曾被識破，但門外的小弟並沒有拆穿，反而提醒阿達拿下手錶，引發的劇情互動令人莞爾。但透過這樣細小的一幕，觀者得以看見身處社會底層人物的相互扶持，真實的情感互動使阿達真正入世，而非只停留在武學禪意的峰頂辯論，詩意和底層的粗曠直接互不衝突，反而各自引領整部電影的生命體系愈發茁壯。
父親是家庭線故事的要角。阿達父母離異，父親雖是掛牌醫生，但主要的營生收入來自販賣假藥，父親無心於家庭，迫使阿達提前進入社會，他與父親情感疏離，阿達生命的不安寧，從原生家庭初見端倪。沒有參與聯考的阿達離家數年，直到從事按摩事業才與父親重逢，父子相認後，歉疚懊悔全寫在父親臉上。
簡短的重逢劇情展演家庭線的前生今世，阿達亟欲擺脫父親，跳脫家庭之外，但如此巧合的重逢設計，似在訴說血脈的難捨，是命定無法捨去的業債。不願成為父親，但心底深處其實已將父親的身影烙下，嘗試和解又感覺不能輕易饒恕，這份掙扎轉化為愛恨孳生的執念寄生於家庭，透過父親在電影前後的臉譜變化，讓親子複雜的情感關係躍然而上。父親在電影後段的死去，促成阿達以輕功飛越大樓，飛起的那一刻是如此用力，如此執著，在大廈起落間，為失去的生命祝禱，父親的死使阿達誠實面對所有情感，不再需要偽裝。
生死別離完善了家庭擴展至生命得捨的故事線，《飛俠阿達》不需戲說從頭，演繹父子曾經發生的衝突或阿達受到的創傷，兩人的生命在相逢與告別的瞬間，已透過鏡頭將躲閃、逃避、悔恨種種情緒帶出。不用額外加戲強調，鏡頭帶動演員呈現最真實的情感表達，創口的撕裂與縫合在人物生命中緩緩進行，多言只是干擾電影的自然。
同樣是靠按摩接案與宋小姐相遇，宋小姐一眼便看出阿達是習武之人，因為宋小姐的賞識，阿達進入宋小姐的企業公司上班，離開了靠按摩度日的生活。宋小姐的角色重要性，按理來說應與焦師父和盲者相同，因為電影不斷利用一些細節暗示宋小姐見識非凡，其辦公大樓內甚至藏有習武的密室，但細節的暗示與紅蓮會並無深刻連結，使暗示的出現反而變得詭譎，無法和前述劇情產生連貫呼應。
宋小姐的劇情線摻雜過多象徵性的符碼，在沒有適當留白的情況下，擠壓了角色本身的發展空間，讓宋小姐周旋在體系外，只能在一些較為雞肋的時刻，透過爛醉營造專屬的沉靜空間隔絕干擾。此時方能以話語和阿達互動，推進生命感悟的劇情，與盲者和焦師父揉雜前世今生的牽引力量相比，宋小姐之於阿達的重要性降低不少。能看見賴聲川導演在宋小姐劇情線上的野心，欲讓生命的虛實論調在此段合一，藉此引爆阿達游離於虛空和現世的人生，但不知節制的塞填，反使電影的有機生長出現凝滯，宋小姐的出現也被稀釋到只剩引出阿魁的作用。
因公司被內鬼滲透，宋小姐向供奉的活神仙求助，活神仙竟是阿達分別已久的好友：阿魁。阿魁與阿達的重逢，是正反力量的角力，以友情作為串接，引出兩人各自代表的立場。阿魁利用神通胡作非為，然而神通卻在電影末段倏然消逝，《飛俠阿達》對其突獲神通的緣由完全沒有交代，但針對退功原因給出了解釋：退功在於忘記為什麼要練功，解釋借鑑《嶗山道士》的故事寓意，任何力量來自於心，若心不正而別有所求，力量就會逝去，以退功反襯阿達的正念。
神通不再的阿魁喪心病狂，火燒宋小姐的商業大樓，這股癲狂令人不寒而慄。阿達在電影始終維持質樸善良，而阿魁對力量病態的嚮往及使用方式，提供觀者看見若阿達濫用武學力量會淪落的下場。在維持阿達人物形象的同時另闢蹊徑，呈現阿魁的動心起念或許也是阿達習武路上曾有過的掙扎，天秤的失序就在焰火燒灼的一線之隔，生命在此刻被推向極端的邊緣搖搖欲墜。
阿達年少時愛慕的對象：阿丹，也在阿魁重新出現時，突然和阿達在一間餃子攤重逢，兩人因此重續年少時相思的愛戀，不過好景不常，燃盡大樓的惡火帶走了阿丹，愛人的離別使阿達再次承受生命的流逝。但兩人愛情的鋪陳較為粗糙，只有開頭和末段簡短的描述，不太能理解人物動機，導致阿丹的角色功能性太強，單純為了服務愛情線而存在，無法說服觀眾去相信，也喪失了呼應五妹、七弟苦戀過往的戲劇張力，只能靠死亡與阿魁縱火的因果牽扯勉強維繫觀者注意。若沒有過往五妹和七弟的感情線襯托，使觀者於前段劇情已理解愛情在《飛俠阿達》離散中的重要性，此部分極有可能成為嚴重的敗筆。
聯考結束各奔東西的三人在電影末尾重聚，重啟友情和愛情的劇情線，能想見《飛俠阿達》欲藉巧合描繪生命的無常性，並透過摯友衝突與愛人逝去製造阿達再一次的離散。但此段劇情的斧鑿感較重，巧合出現得太過離奇，鋪陳也不夠縝密，似乎希望傷痛的出現能快速使生命的飄然得到具象，縱然還算貼合電影的生命母題，卻因此喪失電影前段自然舒張的節奏，產生敘事上的分裂。不過，好在前述的劇情架構非常穩定，縱然末段稍顯混亂突兀，也不至於完全打亂原有的鋪排。
無數創口的形成，終讓阿達看清生命的脆弱，並非任何力量得以拯救，唯有承認生命的所有必然，方能看清本心，此時的鏡頭回到了故事開始的公園。
毛叔年老中風，改由他在公園的老友繼續訴說紅蓮會的故事。時代仍在前進，故事依然停在過往，毛叔坐在木椅上靜靜地聽著，恍惚之間，腦海的意識回到緬懷的年代，紅蓮會七人風光洋溢，年輕的毛叔站在相機後，為他們留下最後一張合影。
而阿達失去了所有，一切重回原點，他回到推銷員的工作上，來到餐廳推銷一台又一台的電腦，此時的新聞畫面上，正在報導有人出面承認他是飛越大樓的高手，準備領取報社賞金，阿達聽到了新聞並微微一笑，繼續熟練地說出推銷台詞。
依然不說破，飛俠的故事永停在凝滯與啟動的瞬間。
請帖
生、老、病、死、愛別離、怨憎會、求不得、五蘊熾盛，人間八苦反覆刷蝕生命，濁水凝聚成娑婆世界，而我們沉溺其中，《飛俠阿達》建構出實幻共存的世界體系，並從人世寄發最誠摯的邀請，且讓我們一同髒水洗身，以生命赴宴，看見每個情緒、每個思量、每個重生與殞落，在生命離合時。
